呼伦湖渔业公司有呼伦贝尔市唯一的一家水产科研单位——呼伦湖水产科研所。主要负责呼伦湖、贝尔湖及相关水系的渔业资源调查、呼伦湖的水质化学监测及呼伦湖浮游生物的定性定量、水产品质量检测和鱼病防治研究工作，并建立和保存相关资料，研究分析，得出结论，为公司决策和渔业生产提供理论依据。曾多次获得自治区、呼伦贝尔市科技进步奖，在国家中高级刊物上发表过20余篇论文。

2008年以来，主要申报科技项目和进行水质监测工作。

2008年，向呼伦贝尔市科技局申报利用鲢鳙鱼防治呼伦湖水体富营养化项目，项目资金10万元；向满洲里科技局申报金鳟鱼集约化养殖试验项目，项目资金10万元。

2009年，向呼伦贝尔市科技局申报利用鲢鳙鱼防治呼伦湖水体富营养化项目，项目资金5万元；向满洲里科技局申报呼伦湖银鲫种质资源开发技术研究项目，项目资金10万元。

2010年，向呼伦贝尔市科技局申报呼伦湖银鲫种质资源开发技术研究项目，项目资金5万元；向满洲里科技局申报贝尔湖鲶鱼人工繁殖及工厂化养殖试验项目，项目资金10万元。

2011年，向呼伦贝尔市科技局申报呼伦湖银鲫种质资源开发技术研究项目，项目资金5万元；向满洲里科技局申报呼伦湖红鳍鲌生态修复研究项目，项目资金15万元。

2012年，向呼伦贝尔市科技局申报呼伦湖红鳍鲌人工繁育技术研究项目，项目资金5万元。

2013年，向呼伦贝尔市科技局申报呼伦湖红鳍鲌人工繁育技术研究项目，项目资金5万元。